La seigneurie faisait partie des sept seigneuries « d’au-delà-des-bois » rattachées au duché de Limbourg. On trouve la trace des seigneurs de Baugnée dès le milieu du 14e. À partir du 16e, les seigneurs abandonnent leur patronyme pour prendre celui de leur seigneurie. Leur habitation occupe la partie nord de l’ensemble constitué en château-ferme.
Particularité très rare dans la région : la maçonnerie est arrondie à l’angle nord-ouest.
Dans le bâtiment, en face du porche d’entrée, est insérée une belle pierre aux armoiries de la famille de Baugnée : une croix cantonnée de quatre roses.
D’après G. Poswick, le château daterait du 16e ; ses bâtiments constituaient une enceinte complètement fermée. Les besoins de l’exploitation agricole ont exigé la construction de diverses annexes.
En 1770, la superficie de la seigneurie était de 195 bonniers (170 hectares), dont 29 bonniers de bois, et comptait trois maisons et un château.
D’après le dictionnaire géographique de la province de Liège de H. Delvaux (1841), Baugnée est le lieu de décès du sieur de la Biche, ancien général autrichien, célèbre maître d’escrime. Il fit 300 lieues pour venir à Baugnée rencontrer le seigneur de l’endroit. Le duel eut lieu, et comme plusieurs autres, le sieur de la Biche trouva la mort sous le fer du vieux guerrier qui avait alors plus de 60 ans.
Se trouvant à l’étroit dans cette ferme-château, la famille de Moffarts fit construire un nouveau château à quelques centaines de mètres de l’ancien mais sur le territoire de la commune de Nandrin.
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