Les historiens ont beaucoup de difficulté à se mettre d'accord sur l'ancienneté de la première église construite à l'emplacement actuel de l'église Saint-Sulpice. Cependant, la paroisse de Saint-Sulpice était confondue avec le domaine de l'abbaye de Saint-Germain-des-Prés. En 1159, le pape Adrien IV a donné aux abbés de Saint-Germain-des-Prés la pleine juridiction spirituelle et temporelle des églises situées sur le domaine de l'abbaye, à l'��poque les chapelles Saint-Pierre et Saint-Martin-des-Orges et l'oratoire Saint-Jean-Baptiste. C'est à partir de cette date que les abbés vont organiser la paroisse de Saint-Sulpice. Ils ont nommé les curés hors de la tutelle de l'évêque. Vers 1180, le centre de la paroisse a été transféré de la chapelle Saint-Pierre située rue des Saint-Pères, vers l'église Saint-Sulpice qui a dû être construite à l'emplacement de l'oratoire Saint-Jean-Baptiste qui est déjà cité en 807. L'église était dédiée à saint Sulpice le Pieux, archevêque de Bourges. En 1724, les fouilles de l'église permirent de mettre au jour une pierre tombale du 10ème siècle, prouvant par là même qu'une chapelle (dont dépendait un cimetière) existait à cet endroit depuis plusieurs siècles. La paroisse Saint-Sulpice est citée dans une bulle du 28 juin 1210. La construction de l'enceinte de Philippe Auguste, en 1211, va séparer le territoire de la paroisse entre celui situé à l'intérieur des remparts de celui se trouvant à l'extérieur. Cela a été une source de conflits entre l'évêque de Paris et les abbés de Saint-Germain, l'évêque revendiquant le territoire de la paroisse intra-muros et l'abbé s'y opposant.
Du 12ème au 14ème siècle, une nouvelle église fut bâtie à la place de l'ancienne chapelle parallèlement à la rue du Vieux-Colombier. Après l'achat d'un terrain appartenant à Jeanne de Montrouge en 1530, elle fut agrandie d'un chevet pentagonal sous Fran���ois Ier. Entre 1615 et 1631, Christophe Gamard a dirigé les travaux d'élargissement de la nef par l'ajout de chapelles latérales. Cependant, avec l'agrandissement des bourgs de Saint-Germain et Saint-Germain-des-Prés, la nécessité de construire une église plus grande et plus digne de la population qui la fréquente s'impose : le bâtiment d'alors ne peut contenir que le douzième des paroissiens. La population est estimée à 15 000 personnes sur une surface de 209 hectares. En 1689, on a dénombré sur le territoire de la paroisse 2 278 immeubles. De plus, l'ancienne église menace de tomber en ruine.
En juin 1642, le curé de Saint-Sulpice, Julien de Fiesque, échange avec Jean-Jacques Olier (1608-1657) sa cure contre le prieuré de Clisson. Olier va réformer le clergé et lui donner une formation. Il a fondé la Compagnie de Saint-Sulpice qu'il a placé sous le patronage de saint Charles Borromée.
Dès 1636, le conseil de fabrique a jugé que l'église était trop petite et qu'il fallait en construire une nouvelle. Jean-Jacques Olier souhaitait construire une église pouvant rivaliser avec la cathédrale Notre-Dame permettant de recevoir près de 10 000 personnes. Les plans de la nouvelle église sont demandés à Christophe Gamard. La proposition est retenue dans une assemblée, tenue le 16 mars 1643 sous la présidence du prince de Condé. Un conflit entre Jean-Jacques Olier avec le prince de Condé et l'abbé de Saint-Germain qui jugeaient les dépenses de construction du séminaire Saint-Sulpice excessives a bloqué le projet jusqu'au début de l'année 1645. Un arrêt du parlement de Paris en faveur du maintien d'Olier à Saint-Sulpice a débloqué la situation. Olier signa les plans de la nouvelle église le 15 août 1645.
D'après Agnès Bos, conservateur du patrimoine, le portail de l'ancienne église aurait été acheté par les Récolettes lors de la démolition du bâtiment pour leur couvent qui était situé à l'intersection des rues de Varenne et du Bac à Paris. Il serait ainsi celui remonté en 1914 comme portail latéral de l'église Saint-Saturnin de Nogent-sur-Marne et toujours visible aujourd'hui.
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