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Certaines espèces de poissons sont menacées au niveau européen. C’est notamment le cas de la petite lamproie et du chabot, particulièrement sensibles à la pollution. Si l’épuration de l’eau est nécessaire, elle ne suffit pas pour garantir le maintien de leur population. Il faut aussi conserver les qualités du lit des cours d’eau. La petite lamproie a besoin, pour sa croissance, de rester enfouie dans de petits trous au fond de l’eau ; le chabot, quant à lui, est un poisson nocturne qui se tient caché sous des pierres durant la journée.
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