Le nom de Saint-Merri viendrait de l’abbé saint Médéric, mort en l’an 700, canonisé puis rebaptisé saint Merri par contraction. Les restes de ce saint reposent toujours dans la crypte de l’église.
Construite de 1500 à 1565, en pleine période de la Renaissance, elle est cependant d'une architecture de style gothique flamboyant.
La tradition raconte que Médéric (Medericus), abbé de l'abbaye de Saint-Martin d'Autun, vint vivre en ermite avec son disciple saint Frou dans un ermitage à proximité de l’oratoire « Saint-Pierre-des-Bois » qui s’élevait à cet endroit. Après deux ans et neuf mois, il meurt le 29 août 700 et y est enterré, et l'oratoire est transformé en chapelle toujours sous le nom de Saint-Pierre-des-Bois ou plus simplement Saint-Pierre, mais devenant de plus en plus la chapelle du saint homme de Dieu.
Son tombeau étant l'objet d'une véritable vénération dû à de nombreux miracles, en 884 le prêtre Thèodelbert soumet à l’évêque de Paris Gozlin de faire exhumer son corps et de mettre en châsse les restes de saint Médéric, qui deviendra saint Merri, désormais considérés comme des reliques.
C’est à cette époque que saint Médéric est choisi pour devenir le saint patron de la rive droite, et la chapelle prenant alors le nom de chapelle Saint-Médéric ou chapelle Saint-Merri.
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